秋季仔猪腹泻率增加。从炎热夏天到凉爽秋天，气温下降较大，昼夜温差更是达到10℃，会造成断奶仔猪的腹泻，影响仔猪的生长。仔猪断奶时体温调节能力尚未完善，需要26℃~28℃的舒适环境温度。
呼吸道疾病发生严重。进入秋季，为了调节猪舍温度和湿度，通风是很重要的。一方面如果通风不畅，猪舍的有害化学气体例如氨气、硫化氢等不但难闻，而且有很强的刺激性。对猪眼睛、呼吸道黏膜都有很强的腐蚀性。在这种环境中生存的猪群，出现呼吸道疾病的几率大幅度的提升。另一方面如果通风过大，猪舍进入冷空气易引起仔猪咳嗽等呼吸道疾病。断奶仔猪适宜的湿度为65%~70%。过于潮湿会引起皮炎、疥癣等疾病，过于干燥能引起灰尘增多，诱发喘气病、萎缩性鼻炎等疾病。
饲料霉变影响仔猪生产性能。秋季雨水多，储存饲料容易霉变。如果养殖户自配料，一定要勤检查玉米、鱼粉的质量，察觉缺陷尽早处理，霉变严重的一律不得饲喂，严防中毒。
另外，猪只在天黑前后进食过迟、贪食过多、进食后就地睡眠，膨胀的胃内容物经夜间寒冷的侵袭，导致胃内容物的异常发酵会引起猪只发热、绝食。晚上饲喂时要定时、定量，猪只采食后要有充分的时间进行消化，饲喂较晚时应适当运动或饲喂量宜减少。
首先，温度是最重要的，在没有气温变化之前就应准备好加温设施。只要气温突变，就可以加强夜间保温工作，做到有备无患，把自然因素造成的损失降到最低。修整好猪舍，把栏舍漏风的部位堵严，以防冷风侵袭。
保温与通风的协调。降低猪舍湿度和改善猪舍空气的最好办法是通风换气，而通风换气最有效的措施则是在天棚顶上开个通风孔，这样不用开门窗就能尽快将舍内的大量潮气和不良气体排出，并换入新鲜空气。但通风要有节制，晴天、暖天多通风，阴天、冷天少通风，做到通风与保温相协调。
呼吸道疾病的预防，主要考虑改善环境和必要的药物预防。如何使猪群从自由大窗户通风过渡到封闭舍微弱的通风，需要每时每刻注意气候平均状态随时间的变化，并及时通过窗户开关调整风量。
传染性胃肠炎和流行性腹泻是秋季常见的一种传染病。如果提前两个月给仔猪打疫苗，这些猪长大后体内的抗体仍可抵御病原的威胁，就会非常大程度上减轻疫病的危害。
断奶前尽早补加教槽料，提高仔猪免疫力。建议在断奶前每头至少补饲600克仔猪料，使仔猪在断奶前胃肠消化系统功能得到加强，以适应断奶后采食饲料尤其是植物性饲料。建立对饲料粗蛋白质的免疫耐受性，减少日粮抗原过敏反应。在饲料中使用微生态制剂，能改善胃肠道环境，预防仔猪腹泻，提高仔猪免疫力和抗病力。
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