由于大多数农药具有挥发性，贮存农药要注意施行密封措施，避免挥发降低药效，对环境造成污染，危害人体健康。
凡是农药都有不同程度的毒性，因此，存放农药要注意防止发生意外事故。从安全角度考虑应注意四点：一是在保管时最好存放在专柜或木箱中，并要在外面加锁，再贴标签。二是农药不能与粮油、豆类、种子、蔬菜、食物以及动物的饲料等同室存放。三是乳油剂和烟熏剂农药不能和易燃易爆物品(如火柴、汽油、机油、鞭炮等)放在一起，更不能存入室内或畜禽舍内以及附近，格外的注意不要放在小孩可接触的地方。以免发生意外事故。四是农药的纸包装物品和药瓶，绝不能用来盛粮食、食品和饲料。
农户购买的农药必须保存好农药的标签及使用说明书，拆零购回的少量农药当时应写好标签贴在药瓶(袋)上，对标签已失落或标签模糊不清的农药，必须重新用纸写明品名、用法、用量、有效期限、使用范围，贴于瓶上或袋子上以备正确使用。
温度越高，农药越容易融化、分解、挥发，甚至燃烧爆炸。而有些瓶装液体农药当遇到低温后容易结冰，形成块状，或使瓶子冻裂。防高温农药应储存在阴凉、干燥、通风地方，储存温度不能高于35℃。防低温要注意防冻，保持温度在1℃以上。防冻的常用办法是，用碎柴草、糠壳或不用的棉被覆盖保温。
日晒用棕色瓶子装着的农药通常要避光保存。例如，辛硫酸农药就怕光照。需避光保存的农药，若长期见光曝晒，就会引起农药分解变质和失效。例如乳剂农药经日晒后，乳化性能变差，药效降低。所以在保管时必须避免光照日晒。
环境对已失效或剩余的少量农药不可在田间地头随地乱倒，更不能倒入池塘、小溪、河流或水井。也不能随意加大使用农药的浓度后使用，应采取深埋处理。避免污染环境。
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